菌劑是農用微生物菌劑的簡稱，對應的標準是《農用微生物菌劑》（即微生物接種劑）（GB 20287-2006），是指1種或1種以上的目標微生物經(jīng)工業(yè)化生產(chǎn)擴繁后直接使用或僅與利于該培養(yǎng)物存活的載體吸附所形成的活體制品，它是菌肥大類的其中一種。

國標功能菌的含量為2億/克，這是微生物肥料類中功能菌含量最高的一種，是少量使用的。主要用途是與其他畜禽糞便、植物秸稈及其他動植物殘體一起施用，或者發(fā)酵起到腐熟和補充有益功能菌的作用。菌劑一般包裝小2-5公斤，畝用量也是2-10公斤就可以了。

菌肥是老百姓和部分經(jīng)銷商對微生物肥料的簡稱，是指目標微生物經(jīng)工業(yè)化生產(chǎn)擴繁后與營養(yǎng)物質等復合而成的、含有該培養(yǎng)物活體的制品，它在單位面積上的用量較大，目前可分為復合微生物肥料、生物有機肥和農用微生物菌劑，即涵蓋菌劑。

菌肥一般包裝較大，多為40kg，也有25kg和50kg包裝的，一般畝用量較大，按照目前全國各地畝有機質含量在1.0%左右的情況，一般果樹要200-500公斤左右。大肥料菌肥目前的市場價格比較集中在2000-3000之間，以逐步成為市場的主流肥料。一般復合微生物肥料和生物有機肥的每畝使用量超過200kg，而農用微生物菌劑在單位面積上的用量少，一般每畝用量2-5kg。

為區(qū)別，一般農用微生物菌劑簡稱菌劑，是小肥料，是配劑。把復合微生物肥料和生物有機肥簡稱菌肥，是大肥料。在國家標準制定中，微生物菌劑是微生物肥料中的一類，目前在微生物菌劑產(chǎn)品登記的152種菌種中，使用頻率較大的前10位菌種分別為：枯草芽孢桿菌、膠凍樣類芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌、釀酒酵母、側孢短芽孢桿菌、細黃鏈霉菌、植物乳桿菌、黑曲霉，其中芽孢桿菌占75%。目前在市場上推廣時，微生物菌劑按內含的微生物種類或功能特性分為：根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑；劑型以液體為主，也有粉劑、顆粒型。

根據(jù)不同地區(qū)不同作物，微生物菌劑大多以4種方式使用，作底肥每畝用量2kg，耕地時均勻撒施；作追肥，每畝用量1-2kg追施；作滴灌與沖施，取清液配合常規(guī)肥料澆灌，殘渣作基肥用，改良土壤；作種肥，適量拌種，按常規(guī)育苗或播種方法使用。